สำนักปลัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดนราธิวาส แบ่งส่วนราชการภายในออกเป็น 5 ฝ่าย ดังนี้
1 ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานธุรการ งานสารบรรณ งานเลขานุการผู้บริหาร งานประชุมข้าราชการและผู้บริหาร งานรัฐพิธี งานประชาสัมพันธ์ งานข้อมูลข่าวสารทั่วไปและสารสนเทศ งานรักษาความสะอาด งานรักษาความปลอดภัยของสถานที่ราชการองค์การบริหารส่วนจังหวัด งานถ่ายโอน งานประสานหน่วยงานอื่น ๆ งานอื่นที่ไม่อยู่ในความรับผิดชอบของส่วนราชการใด และงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย โดยแบ่งออกเป็น 4 งาน ดังนี้
1.1 งานธุรการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานธุรการของสำนักปลัดฯ และองค์การบริหารส่วนจังหวัด งานสารบรรณของสำนักปลัดฯ งานตรวจสอบลงหรือเปลี่ยนแปลงรายการเก็บรักษาและให้บริการเอกสารสำคัญของทางราชการ งานการโอนและแก้ไขเปลี่ยนคำชี้แจงงบประมาณของสำนักปลัดฯ งานจัดทำแผนพัฒนาองค์การบริหารส่วนจังหวัดของสำนักปลัดฯ งานอื่นที่ไม่อยู่ในความรับผิดชอบของฝ่ายใดในสำนักปลัดฯ งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
1.2 งานเลขานุการผู้บริหาร มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานติดต่อนัดหมายและการเดินทางไปราชการของผู้บริหารงานการประชุมผู้บริหาร งานติดตามผลการปฏิบัติตามมติที่ประชุมหรือผลการปฏิบัติตามคำสั่งหัวหน้าส่วนราชการงานสิทธิสวัสดิการของผู้บริหาร งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
1.3 งานรัฐพิธี/ราชพิธี มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานการจัดรัฐพิธี งานการจัดราชพิธี งานติดต่อประสานเกี่ยวกับงานรัฐพิธี/ราชพิธีกับหน่วยงานต่าง ๆ งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
1.4 งานประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานประชาสัมพันธ์ งานรวบรวมข้อมูลข่าวสาร งานจัดระบบสารสนเทศ งานรวบรวมข้อมูลสถิติขององค์การบริหารส่วนจังหวัด งานเผยแพร่ผลงาน กิจกรรมและนโยบายผู้บริหารงานวางแผนประชาสัมพันธ์ งานติดต่อประสานหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการประชาสัมพันธ์หน่วยงาน งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
2 ฝ่ายบริหารงานบุคคล มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานการเจ้าหน้าที่ และสิทธิสวัสดิการข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานจ้าง งานเลขานุการคณะกรรมการข้าราชการองค์การบริหารส่วนจังหวัด งานพัฒนาบุคลากร งานการสอบ งานบรรจุแต่งตั้ง งานการโอน การย้าย การรับโอน งานฝึกอบรมสัมมนาข้าราชการและลูกจ้าง งานการถ่ายโอนบุคลากร งานจัดทำแผนอัตรากำลัง 3 ปี งานข้อมูลอัตรากำลัง งานประกาศจัดตั้งกองและส่วนราชการภายใน งานลงเวลาปฏิบัติราชการ งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย โดยแบ่งออกเป็น 3 งาน ดังนี้
2.1 งานการเจ้าหน้าที่ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานการสอบ งานการบรรจุแต่งตั้ง การเลื่อนระดับ งานการโอนการย้าย การเปลี่ยนสายงาน งานการรับโอน งานการเลื่อนขั้นเงินเดือน งานวินัย งานเกษียณอายุราชการ งานเลขานุการคณะกรรมการข้าราชการองค์การบริหารส่วนจังหวัด งานการเจ้าหน้าที่ของลูกจ้างพนักงานจ้าง งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
2.2 งานพัฒนาบุคลากรและสิทธิสวัสดิการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานพัฒนาบุคลากร และฝึกอบรมสัมมนาข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานจ้าง งานสวัสดิการต่าง ๆ ของข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานจ้าง งานบำเหน็จบำนาญ งานทำบัตรประจำตัวบุคลากร งานออกหนังสือรับรองบุคลากร งานควบคุมเวลาการปฏิบัติราชการ งานขอเครื่องราชอิสริยาภรณ์บุคลากรและประกาศเกียรติคุณบุคลากร งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
2.3 งานอัตรากำลัง มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานจัดทำแผนอัตรากำลัง 3 ปี งานจัดทำแผนพนักงานจ้าง งานปรับปรุงแผนอัตรากำลัง 3ปี และแผนพนักงานจ้าง งานประกาศจัดตั้งกองและส่วนราชการภายใน งานข้อมูลบุคลากร งานรายงานอัตรากำลังบุคลากร งานจัดทำทะเบียนประวัติผู้บริหาร ข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานจ้าง งานถ่ายโอนบุคลากร งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
3 ฝ่ายนิติการและการพาณิชย์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานนิติการ งานตราข้อบัญญัติขององค์การบริหารส่วนจังหวัดที่ไม่ใช่ข้อบัญญัติงบประมาณรายจ่าย งานจัดหาผลประผลประโยชน์จากทรัพย์สิน งานนิติกรรมสัญญา งานร้องทุกข์ร้องเรียน งานจัดทำแผนงานโครงการงบประมาณรายจ่ายของฝ่าย งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมายโดยแบ่งออกเป็น 4 งาน ดังนี้
3.1 งานการสอบสวน มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานการสอบสวนข้อเท็จจริง งานสอบสวนวินัย งานร้องทุกข์ร้องเรียน งานรักษาความสงบเรียบร้อยและศีลธรรมอันดีของประชาชน งาตนสอบสวนความรับผิดทางละเมิดข้อบัญญัติ งานความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาาย
3.2 งานนิติกรรมสัญญา มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานนิติกรรมสัญญา การฟ้องร้องดำเนินคดี งานวินิจฉัยปัญหา ข้อกฎหมายอันเกิดจากสัญญา งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
3.3 งานจัดหาผลประโยชน์ในทรัพย์สิน มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานจัดหาผลประโยชน์ในทรัพย์สิน และงานตราข้อบัญญัติองค์การบริหารส่วนจังหวัดที่ไม่ใช่ข้อบัญญัติงบประมาณรายจ่าย งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
3.4 งานทะเบียนพาณิชย์และทะเบียนขนส่ง มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับจดทะเบียนพาณิชย์ กรณีจดทะเบียนใหม่ กรณีเปลี่ยนแปลง กรณียกเลิก คัดสำเนา และออกใบแทน จัดเตรียมเอกสารคำร้องแบบฟอร์มต่าง ๆ และจัดเก็บเอกสาร งานค้นหาเอกสาร ในการขอคัดสำเนาตรวจเอกสารงานจดทะเบียนใหม่ยานพาหนะขนส่งงานบริการรับชำระเงินค่าธรรมเนียมการจดทะเบียนพาณิชย์งานบริการชำระภาษีรถประจำปี สำหรับรถที่จดทะเบียนแล้ว งานการโอนทะเบียนหรือเปลี่ยนเจ้าของ งานนำส่งเงินรายได้ค่าธรรมเนียม การจดทะเบียนพาณิชย์และทะเบียนขนส่งนำส่งกองคลัง งานรายงานต่าง ๆ งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง และได้รับมอบหมาย
4 ฝ่ายพัฒนาสังคม มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานจัดการคุ้มครองดูแลรักษาธรรมชาติ งานบำรุงศิลปวัฒนธรรมจารีตประเพณีและภูมิปัญญาท้องถิ่น งานส่งเสริมการศึกษา งานการทำนุบำรุงศาสนาและส่งเสริมวัฒนธรรม งานการพัฒนาและส่งเสริมอาชีพ โดยแบ่งออกเป็น 2 งาน ดังนี้
4.1 งานจัดการคุ้มครองดูแลรักษาธรรมชาติ งานบำรุงรักษาศิลปวัฒนธรรมจารีตประเพณีและภูมิปัญญาท้องถิ่น
4.2 งานส่งเสริมการศึกษา งานการทำนุบำรุงศาสนาและส่งเสริมวัฒนธรรม งานการพัฒนาและส่งเสริมอาชีพ
5 ฝ่ายพัฒนาและส่งเสริมการท่องเที่ยว มีหน้าที่ความรับผิดชอบงานปรับปรุงสถานที่ท่องเที่ยว งานพัฒนาแหล่งท่องเที่ยว งานประชาสัมพันธ์และส่งเสริมการท่องเที่ยว งานระบบข้อมูลเกี่ยวกับการท่องเที่ยวของจังหวัด งานสนับสนุนการจัดทำแผนการท่องเที่ยวจังหวัด งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องที่ได้รับมอบหมาย โดยแบ่งออกเป็น 2 งาน ดังนี้
5.1 งานพัฒนาการท่องเที่ยว มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานปรับปรุงสถานที่ท่องเที่ยว งานสำรวจแหล่งท่องเที่ยว งานฟื้นฟู พัฒนาแหล่งท่องเที่ยว งานสนับสนุนการจัดทำแผนท่องเที่ยวจังหวัด งานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
5.2 งานส่งเสริมการท่องเที่ยว มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานระบบข้อมูลการท่องเที่ยว งานประชาสัมพันธ์และการส่งเสริมการท่องเที่ยว งานประสานเกี่ยวกับการทีองเที่ยวกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องงานอื่น ๆที่เกี่ยวข้องและที่ได้รับมอบหมาย
